肛周的菜花状疣病因多是不明确。
若患者有肛周的真菌感染，一般是因为患者排便的时候，粪便污染肛周，因此真菌感染可能会在相对潮湿的环境之下滋生，可能会通过肛周的潮湿的环境，因为导线会彼此感染，出现菜花状的突起，同时菜花状的突起容易出现瘙痒、潮湿等症状，因此，患者也需要排查是不是有湿疹的可能性。
若患者有痔疮、便秘等肛周其他疾病可能，同时可以出现菜花状疣，可考虑大便次数的增加，或者长期坐立，而引发局部血液循环障碍，从而形成了菜花样的改变。